ฮนดะ เป็นหนึ่งในสมาชิกทีมชาติญี่ปุ่นชุดสู้ศึกฟุตบอลเยาวชนชิงแชมป์โลก ปี 2005 และปัจจุบัน เขาก็เล่นให้กับทีมชาติญี่ปุ่น รุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี ซึ่งเขาติดเป็นหนึ่งใน 23 ขุนพลของทีมซามูไร ในชุดลุยศึกฟุตบอลโอลิมปิก 2008 รอบคัดเลือกในเดือนมิถุนายนที่ผ่านมาเขาก็ขยับขึ้นไปติดทีมชาติชุดใหญ่นัดแรก ในวันที่ 22 มิถุนายน 2008 ในฟุตบอลโลกรอบคัดเลือก โซนเอเชีย ที่ญี่ปุ่น พบกับ ทีมชาติบาห์เรน และในวันที่ 14 กรกฎาคม 2008 ฮนดะ ก็ถูกประกาศให้เป็นผู้เล่นในทีมซามูไร ที่จะลงเล่นในรอบสุดท้ายของการแข่งขันฟุตบอลในโอลิมปิกเกมส์[5] 2008 ที่ปักกิ่ง ประเทศจีน อีกด้วยฮนดะ ทำประตูแรกให้กับทีมชาติชุดใหญ่ได้ในวันที่ 27 พฤษภาคม 2009 ในแมทช์พบกับ Chile ที่สนาม Nagai Stadium ในเมือง Osaka